Samuel Heinrich Schwabe wurde am 25.10.1789 als ältestes von elf Kindern einer Arztfamilie in Dessau geboren. Sein Vater war fürstlicher Leibarzt und Hofrat, seine Mutter die Tochter des Apothekers Häseler, welchem die Dessauer Mohren-Apotheke gehörte.
Schwabe wurde siebenjährig in die Dessauer Hauptschule aufgenommen, in welcher er schon frühzeitig Bekanntschaft mit dem Philanthropismus und den Gedanken der Aufklärung und des Humanismus machte, welche unter Leopold III. Friedrich Franz, Fürst von Anhalt-Dessau, in der Region Nährboden fanden. Ab dem Jahre 1809 studierte er an der königlich-preußischen Universität in Berlin und hörte bei bekannten Autoritäten Vorlesungen in Pharmazie, Chemie, Botanik und Physik. Schwabe kehrte 1811 nach dem Tod des Vaters und schwerer Krankheit des Großvaters nach Dessau zurück, um wenig später dessen Apotheke zu übernehmen und die Familie zu ernähren.
Nach vielen, schweren familiären Schicksalsschlägen, begann Schwabe in den zwanziger Jahren des 19. Jahrhunderts, seinen schon während der Schulzeit durch seine Lehrer erkannten naturwissenschaftlichen Neigungen, vor allem auf botanischem und astronomischen Gebiet, intensiver nachzugehen. 1825 gewann er sein erstes Fernrohr in einer Lotterie, 1825 sind auch erste Fernrohrbeobachtungen nachweisbar. Im gleichen Jahr noch bestellte er ein für die Beobachtung von Himmelskörpern wesentlich besser geeignetes Fernrohr bei dem bekannten Physiker Joseph von Frauenhofer.
1829 verkaufte er das geerbte Haus, einschließlich der Apotheke und erwarb das Eckhaus in der Dessauer Johannisstraße 18, das heutige Schwabehaus. Von seinem Observatorium im Dachgeschoss aus führte er fast 43 Jahre lang intensive astronomische Beobachtungen durch, welche er genauestens protokollierte. Er entdeckte u.a. die elfjährige Sonnenfleckenperiodizität (etwa aller elf Jahre treten besonders viele dieser Flecken auf) und ist mit dieser Leistung in astronomischen Fachkreisen weltweit bekannt.
Er veröffentlichte seine Erkenntnisse in den “Astronomischen Nachrichten”, wodurch Alexander von Humboldt auf ihn aufmerksam wurde und 1833 das Observatorium besuchte. Schwabe wurde durch die Vermittlung von Humboldts zum Lehrer der Kinder des Fürsten. Im Dessauer Schloss lernte er die Erzieherin der Prinzessin Agnes, Fräulein Ernestine Amalie Moldenhauer kennen, welche er 1841 heiratete. Durch seinen Schwager machte er die Bekanntschaft von Professor Encke (Direktor der Berliner Sternwarte und bekannter Astronom), mit welchem Schwabe zukünftig ein freundschaftlich-fachlicher Dialog verband.
Samuel Heinrich Schwabe führte neben seinen astronomischen Studien, welche sich keineswegs nur auf die Sonne beschränkten, auch umfangreiche botanische Untersuchungen durch, deren Ergebnisse 1838 in lateinischer Sprache in einem zweibändigen, einzigartigen Werk, der “Flora Anhaltina”, publiziert wurden. Das Herbarium von Schwabe, eine weiteres Dokument unermüdlicher Studien, umfasst etwa 3350 noch gut erhaltene Pflanzenbelege. Das Material stammt von seinen Reisen, die ihn auch oft in das Ausland führten und aus den Parkanlagen der Dessauer Umgebung. Das Herbarium wird heute im Dessauer Museum aufbewahrt.
Die regelmäßige Veröffentlichung meteorologischer Beobachtungen im Anhaltischen Staatsanzeiger durch Schwabe sind eine weiteres Indiz für seine exakte und ausdauernde Arbeitsweise auf naturwissenschaftlichem Gebiet. Ebenso verdient an dieser Stelle seine federführende Tätigkeit bei der Gründung des “Naturhistorischen Vereins” in Dessau am 27.03.1840 Erwähnung.
Schwabe brachte seine Anschauungen in einer politisch wechselhaften Zeit als aktiver Abgeordneter der bürgerlichen Fraktion in Dessau ein, hatte das Amt des Protokollführers der Stadtverordnetenversammlung und mehrere Ehrenämter inne. Seine Niederschrift “Politische Begebenheiten meines Lebens” und seine Einschätzungen als Gegner der bürgerlich-demokratischen Revolution in Anhalt-Dessau 1848/49 gelten auch heute noch als eindrucksvolles Zeitzeugnis.
Trotz starker Belastung und eigener, schwerer Gichtanfälle unterstützte er seine Familie weiterhin aufopferungsvoll. Im Jahre 1855, nach nur 14 Ehejahren, verstarb Schwabes Frau Amalie.
Schwabe wurden für seine Arbeit durch seinen Landesherrn, der ihn bereits zum Hofrat ernannte, die Ritterinsignien des Ordens Albrechts des Bären verliehen. Er war Ehrenmitglied in mehreren wissenschaftlichen Vereinen und wurde zum Mitglied der “Royal Astronomical Society” in London ernannt, von welcher er im Jahre 1857 die höchste Auszeichnung für besondere wissenschaftliche Leistungen, die “Große Goldene Medaille” erhielt. Die Medaille wurde ihm von dem bekannten Sonnenforscher Richard C. Carrington in Dessau überreicht. Noch zu Lebzeiten schenkte Schwabe der Society seine astronomischen Aufzeichnungen. Seine wissenschaftlichen Geräte hinterließ er gegen eine Rente dem Dessauer Herzoglichen Gymnasium.
Noch im Alter von 79 Jahren beschäftigte sich Schwabe mit der Geologie und legte den Grundstein für eine umfangreiche Mineraliensammlung.
Samuel Heinrich Schwabe verstarb hochgeachtet am 11.04.1875. Sein Grab befindet sich auf dem historischen Friedhof in Dessau.